Los Objetivos Estratégicos Institucionales describen los resultados que la institución desea alcanzar en un tiempo determinado, hacia dónde deben dirigirse los esfuerzos y recursos. Los objetivos estratégicos institucionales (OEI) responden al Plan de Creación de Oportunidades 2021-2025, en base al rol, competencias o funciones que le fueron asignadas a la institución.

1. Incrementar la participación de los deportistas ecuatorianos, en competencias nacionales e internacionales.
2. Incrementar el porcentaje de atletas con discapacidad en el alto rendimiento.
3. Incrementar la infraestructura deportiva con condiciones óptimas a nivel nacional.
4. Reducir la prevalencia de actividad física insuficiente en la población.
5. Reducir el tiempo de comportamiento sedentario en un día normal.
6. Incrementar la generación de información oportuna y transparente por parte de los actores del sector deportivo.
7. Fortalecer las capacidades institucionales.